>本年度の不合格返金制度の変更がありました。配布したソフトと、学習履歴の返還を要求してきました。
>これって、おかしくありません？

おかしいと思います。

公正取引委員会に連絡するのはどうでしょう？

また、申請から３ヶ月以内に返金のはずです。
全員の確認が済み次第とか、順次返還などの説明は第１回教材送付時には無かったはずで、後付ですね。
この点も伝えるべきでしょう。


個人的救済は消費生活相談員協会などは親身に対応してくれます。